Program JPK Link® wykonuje szereg funkcji, z których pierwsza to import plików utworzonych w obcych programach księgowych. Kolejny krok to sprawdzenie ich formalnej poprawności oraz złączenie (scalenie) i wysyłka. Po co i dlaczego wykonuje się te operacje i w ogóle co to jest JPK omawiamy w naszej Bazie wiedzy.
Organy podatkowe mogą żądać dostarczenia dokumentów w określonej postaci, za każdym razem musi ona być jednoznacznie określona w wezwaniu. I tak może to być :
W przypadku plików dostarczanych na żądanie organów podatkowych w przypadku czynności sprawdzających, kontroli podatkowej, czy też postępowania podatkowego, może być zapisane na informatycznych nośnikach danych, może być nim dowolny nośnik typu pendrive, dysk, płyta DVD, pod warunkiem, że umożliwiał będzie odpowiednio oznakowany w sposób pozwalający na jednoznaczną identyfikację nośnika i będzie możliwe odczyt w urządzeniach różnych producentów. Muszą być one przystosowane do przenoszenia pomiędzy powszechnie dostępnymi urządzeniami odczytującymi. Dostarczyć takie nośniki do urzędu można albo przesłać przez operatora pocztowego albo osobiście zanieść do właściwej komórki kontrolującej.
Natomiast w przypadku JPK zawierającego rejestr zakupu i sprzedaży VAT, składanego co miesiąc bez żądania, właściwą i jedyną drogą jego składania jest wyłącznie droga elektroniczna. Nie oznacza to jednak wysyłki pocztą elektroniczną, może to się odbyć wyłącznie w strukturze podobnej do systemu e-deklaracji, a więc poprzez aplikację kliencką MF lub za pośrednictwem interfejsu dostępnego w programie księgowym dostosowanym do wymogów takiego przesyłu.
Wysyłkę elektroniczną pliku JPK należy zweryfikować podpisem kwalifikowanym. Na chwilę obecną (styczeń 2016) tylko tak można ją podpisać. Jednakże, jak przekonuje MF możliwe będzie weryfikowanie wysyłki danymi autoryzującymi, a więc tak jak podpisuje się do tej pory e-deklarację. Są to takie dane jak: